Nguyên nhân phát sinh bệnh trên lươn: con giống yếu, có sẵn mầm bệnh, bị xây xát trong quá trình vận chuyển; nhiệt độ thay đổi đột ngột, môi trường nước ô nhiễm do mầm bệnh, ký sinh trùng, hoặc dư thừa thức ăn; cho lươn ăn thức ăn ôi thiu, nuôi mật độ dày. Các chứng bệnh ở lươn thường gặp là bệnh sốt nóng, lở loét, bệnh nấm thủy mi, bệnh tuyến trùng, bệnh đỉa...

+ Bệnh lở loét ở lươn: trước khi nuôi cần phải sát trùng bể/ao bằng vôi hoặc phun thuốc Streptomycin. Cứ 50 kg lươn dùng 5g Oxytetra trộn vào thức ăn cho lươn ăn, có thể trộn kèm với vitamin C, thời gian điều trị 5-7 ngày. Trực tiếp bôi permanganat kali (thuốc tím) vào vết loét.

+ Bệnh tuyến trùng; vớt lươn chết khỏi ao, thay nước, thay đất nếu ô nhiễm nặng và dùng các sản phẩm diệt nội ký sinh trùng của các nhà sản xuất như vemedin, Bayer, Annova... trộn vào thức ăn, cho lươn ăn liền trong 4-5 ngày.

+ Bệnh sốt nóng: phải vớt lươn chết khỏi ao, thay đất nếu ô nhiễm nặng, nên giảm mật độ nuôi bằng việc san thưa, thay nước mát, đảm bảo tốt chất lượng nước, nâng cao mực nước trong bể, thả bèo, che mát, thả cá trể để ăn thức ăn thừa. Khi phát hiện bệnh có thể dùng các sản phẩm có nguồn gốc iod hoặc có tính sát trùng để ngâm tắm hoặc phun dung dịch phèn xanh (sulphate đồng) 0,07%, 5ml/m3 nước.

+ Bệnh nấm thủy mi: Trước khi nuôi sát trùng bề bằng vôi. Hòa Sodium bicarbonated với nước tỉ lệ 0,4 phần ngàn, tưới khắp bể nuôi. Tắm lươn bằng nước muối.

+ Bệnh đỉa: Dùng các loại sản phẩm trị ngoại ký sinh để điều trị, nên theo lời khuyến cáo của nhà sản xuất hoặc cán bộ chuyên môn.