Khi phát hiện cá chết phải xác định nguyên nhân chết do vi rút hay vi khuẩn, nếu bị bệnh vi rút thì chỉ phòng, sử dụng kháng sinh không có hiệu quả.
Cá bị bệnh do vi khuẩn mới sử dụng kháng sinh. Cá bị chết do vi khuẩn Aeromonas sp. gây ra.
Khi môi trường nước thay đổi, mùn bã hữu cơ cao làm tăng số lượng và tăng độc lực vi khuẩn, rất dễ nhiễm vào cơ thể cá trắm thông qua mang, qua da hoặc đường tiêu hóa của cá không khỏe.
Bệnh thường xuất hiện vào tháng 3-4 hàng năm, xảy ra với cá sau khi đánh bắt bị sây sát, vận chuyển không đảm bảo hoặc chất lượng môi trường nước nuôi không thuận lợi.
Để xử lý bệnh cần khử trùng nước ao nuôi bằng một trong các loại thuốc sát trùng như BKC hoặc Iodine, hoặc viên sủi khử trùng, kết hợp với dùng thuốc Sultrim (Sulfadiazine kết hợp Trimethoprime) hoặc Cotrimin hay Florphenicol hoặc Doxycycline trộn vào cỏ hoặc thức ăn viên cho cá ăn liên tục 5-7 ngày.
Trong quá trình xử lý phát hiện thấy cá đen thân, bỏ ăn cần vớt bỏ ngay nhằm tránh lây sang cả đàn. Cá bệnh loại ra không xả ra môi trường nuôi mà cần được xử lý bằng nhiệt làm chết vi khuẩn gây bệnh rồi có thể tái sử dụng làm thức ăn trong chăn nuôi gia súc, cá nuôi khác hoặc có thể xử lý làm phân bón cho cây trồng.