Tên đề tài: Nghiên cứu phát triển và ứng dụng mã vạch di truyền (DNA barcoding) trên cá tra (Pangasianodon hypophthalmus)
Thuộc chương trình phát triển ứng dụng công nghệ sinh học ngành thủy sản
Tổ chức chủ trì: Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản 1
Cơ quan chủ quản: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
Chủ nhiệm đề tài: TS. Trần Thị Thúy Hà.
Các cá nhân tham gia đề tài: ThS. Nguyễn Thị Thu Thủy, ThS. Trần Nguyễn Ái Hằng, ThS. Trần Thị Nga, TS. Võ Thị Bích Thủy, CN. Nguyễn Thị Hương, ThS. Vũ Thị Thanh Nga, ThS. Ngô Sỹ Vân, ThS. Lưu Thị Hà
Thời gian thực hiện: 08/2014-12/2017
Kinh phí thực hiện: 6300 triệu đồng
Cấp phê duyệt: Quyết định số 240/QĐ-BNN-KHCN ngày 24/01/2018 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn
Ngày nghiệm thu: Ngày
28 tháng 01 năm 2018 tại Hà Nội
Kết quả nghiên cứu:
Đề tài đã tiến hành
thu và phân loại hình thái được 1300 mẫu, trong đó có 676 mẫu cá Tra sản xuất
và 471 mẫu cá Tra tự nhiên. Tổng số mẫu cá da trơn khác trong họ Pangasiidae
là 153 mẫu. Kết quả phân loại hình thái cho thấy: thành phần loài cá trong họ cá Tra Pangasiidae tại vùng đồng bằng sông Cửu Long Việt Nam và Campuchia là khá phong phú, mỗi nước có 11 loài thuộc 4 giống Pangasianodon, Pangasius, Pseudolais và Helicophagus.
Đề tài đã xây dựng được quy trình phân tích đoạn COI và Cytb trên các mẫu cá Tra P. hypophthalmus. Qua đó, đánh giá được đa dạng di truyền các quần đàn cá Tra nghiên cứu qua phân tích trình tự gen vùng COI và Cytb và đã đăng ký trên ngân hàng gen thế giới (Genbank) trình tự các đoạn gen ty thể (COI và Cyt b) của cá Tra (P.hypophthalmus) và cá da trơn khác trong họ Pangasiidae.
Đề tài đã xác định được 1.589 SNP (trong đó, 780 SNP xuất hiện trên tất cả các cá thể cá tra Việt Nam và 809 SNP xuất hiện trên tất cả các cá thể cá tra quốc tế). Sau khi phân tích, đã xác định được 12 SNP tiềm năng, có khả năng trở thành mã vạch phân tử của cá tra Việt Nam. Qua sàng lọc, 02 SNP đặc hiệu đã được xác định và SNP 5 (đột biến điểm 45: G>A của cá tra Việt Nam) và SNP 9 (đột biến điểm 66:T>G ở mẫu cá tra Việt Nam) có thể sử dụng như mã vạch phân tử trong truy xuất nguồn gốc cá tra Việt Nam. Đối với SNP 5: Xác suất xuất hiện băng vạch đối với nhóm cá Tra thu tại Việt Nam là 94,68% và nhóm cá Tra thu tại Thái Lan, Băngladesh và Campuchia là 8,7%. Đối với SNP 9: Xác suất xuất hiện băng vạch đối với nhóm cá Tra thu tại Việt Nam là 71,27% và nhóm cá Tra thu tại Thái Lan, Băngladesh và Campuchia là 15,41%. Đối với SNP 5 và SNP 9: Xác suất xuất hiện băng vạch đối với nhóm cá Tra thu tại Việt Nam là 68,89% và nhóm cá Tra thu tại Thái Lan, Băngladesh và Campuchia là 26,35%.
(Nguồn: Thư viện Bộ Nông nghiệp và PTNT- V1.2)
