Không thể phủ nhận vai trò của phân bón vô vơ trong cuộc cách mạng xanh của thế kỷ XX. Tuy nhiên, việc lạm dụng phân bón vô cơ trong thời gian dài, sử dụng không đúng cách đã gây ra nhiều mặt tiêu cực đối với sức khỏe đất, cây trồng, hệ sinh thái và con người. Do đó, việc tăng cường sử dụng phân bón hữu cơ, hữu cơ vi sinh, kết hợp với phân bón vô cơ đã và đang được chú trọng, khuyến cáo áp dụng vào sản xuất cây thanh long nói riêng và ngành cây ăn quả nói chung. Các lợi ích của phân bón hữu cơ khi bón, cung cấp cho cây trồng: 

- Phân hữu cơ có chứa đầy đủ các loại chất khoáng cần thiết cho cây trồng nhưng thường chứa hàm lượng thấp. Mặc dù, phân hữu cơ có tác dụng không tức thời như phân hóa học, nhưng bón số lượng lớn thì tác dụng của nó không thua kém phân hóa học. 

- Việc cung cấp các nguyên tố vi lượng, các dưỡng chất từ phân hữu cơ có ý nghĩa trong việc gia tăng phẩm chất nông sản, làm trái cây ngon ngọt và ít sâu bệnh hơn. 

- Phân hữu cơ là nguồn thực phẩm cần thiết cho hoạt động của vi sinh vật có lợi trong đất, cải thiện tính chất lý, hóa, sinh học và cung cấp nhiều dinh dưỡng cho cây  trồng: đất tơi xốp, tăng độ phì, thoáng khí giúp bộ rễ cây phát triển tốt; giúp 

các quá trình chuyển hóa, tuần hoàn dinh dưỡng trong đất, sự cố định đạm, sự nitrat hóa, phân hủy tồn dư thuốc bảo vệ thực vật,... cũng như ức chế sự hoạt động của các loài vi sinh vật gây hại trong đất đối với cây trồng. 

Ngoài ra, bón nhiều phân hữu cơ cũng giúp chống xói mòn, tăng khả năng giữ ẩm của đất trong mùa nắng (thiếu nước, hạn và xâm nhập mặn), đồng thời giúp giảm sử dụng phân bón vô cơ, sử dụng thuốc hóa học BVTV,...