Ngập úng sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến sinh trưởng và phát triển, tuổi thọ của cây, làm giảm năng suất và phẩm chất trái của cây ăn quả nói riêng.

- Trong điều kiện mưa dầm, ngập úng làm đất bão hòa, những lỗ nhỏ (tế khổng) trong đất bị nước đầy làm cho đất kém thoáng khí, thiếu O2. Do đó trong điều kiện ngập cây sẽ bị thiếu O2 để hô hấp. Do thiếu oxy trong quá trình bị ngập nước, cây bị sốc nên tiết ra nhiều acid amin và ethanol làm hấp dẫn các bào tử nấm như Phytophthora spp, Pythium spp và Fusarium, tấn công rễ cây làm cây suy yếu và thậm chí gây chết cây.

- Trong quá trình ngập rễ cây còn sản sinh ethylene với hàm lượng nhỏ sẽ kích thích tạo ra rễ mới nhưng với hàm lượng lớn gây ngộ độc cho cây làm cho lá bị vàng và rụng. 

Đối với vườn bị ảnh hưởng ngập úng nặng thường rất khó phục hồi. 

Khả năng chống chịu ngập úng của từng loại cây trồng và điều kiện bị ngập úng: ngập tĩnh hay ngập động. Đối với những vườn nằm gần sông, kênh rạch thì hầu như ít thiệt hại hoặc không thiệt hại so với những vườn bị ngập úng kéo dài và nước không thoát đi được.

Biện pháp khắc phục ngập úng:

- Gia cố hệ thống đê bao, tiêu nước nhanh, hạn chế tối đa tình trạng vườn bị ngập kéo dài.  

- Tùy vào độ rộng của liếp, tiến hành xẻ rãnh giúp thoát nước nhanh trên vườn và giữ mực nước trong 

mương cách mặt liếp khoảng 60-80 cm trong mùa mưa.  

- Hạn chế đi lại trong vườn trong mùa mưa lũ vì sẽ làm cho đất bị dẽ chặt lại (bộ rễ cây trồng cũng rất cần oxy để hô hấp), chính vì vậy dễ làm cho cây suy yếu và nấm bệnh dễ tấn công.  

- Cắt bỏ cành vượt, loại bỏ bớt trái trên cây hoặc tất cả nếu trường hợp ngập úng kéo dài để giảm nhu cầu hấp thu dinh dưỡng, tránh bị suy kiệt trong điều kiện này.

- Sau ngập úng phải xới nhẹ nhằm phá váng ở lớp đất mặt giúp đất thông thoáng, tạo sự trao đổi khí vùng bên trên và xung quanh rễ.

- Nên rải vôi nông nghiệp cho vườn cam với lượng 100-150 kg/1.000m2. 

- Tiếp theo, xới nhẹ xung quanh gốc và tưới thuốc: Mancozeb + Metalaxyl (Ridomyl Gold), Fosetyl aluminum,... để phòng trị bệnh (xử lý thuốc từ 2-3 lần, tùy vào mức độ bệnh nặng hay nhẹ). Có thể kết hợp sử dụng chất hỗ trợ, thúc đẩy bộ rễ phát triển, tạo rễ mới (1-2 lần) như: Root 2, NȜM,... ngay sau khi tưới thuốc hóa học khoảng 7 ngày. 

- Bón phân hữu cơ kết hợp sử dụng nấm đối kháng Trichoderma giúp cải tạo đất (tăng cường hoạt động 

VSV -> khoáng hóa tốt hơn, đất xốp, tăng giữ độ ẩm trong đất, chống xói mòn, tích lũy thêm mùn cho đất, giảm độ chua,  nâng cao độ phì nhiêu của đất và tiêu diệt nguồn bệnh hiện diện trong đất).