Các bệnh thường gặp trên lươn có thể chia hai nhóm bệnh chính: nhóm bệnh do yếu tố phi sinh vật (cảm mạo, bệnh phát nhiệt, bệnh đói lả, bệnh hôn mê); nhóm bệnh do sinh vật gây ra (bệnh do vi-rút, vi khuẩn, nấm và ký sinh trùng).

Bệnh thường gặp nhất là bệnh viêm ruột (hay còn gọi là bệnh đường ruột). Bệnh do vi khuẩn gây ra. Vi khuẩn tồn tại trong môi trường nuôi và trong ruột lươn, tuy nhiên nếu lươn khỏe thì vi khuẩn này không ảnh hưởng. Nhưng khi môi trường không tốt, sức đề kháng lươn yếu thì vi khuẩn phát triển mạnh và gây bệnh. Biểu hiện bên ngoài là lươn bị vết màu đỏ ở phần hậu môn, thân lươn đen, bơi chậm chạp, tách bầy. Để trị bệnh, bà con phải vệ sinh, diệt trùng hệ thống nuôi. Dùng 500 g tỏi lấy nước trộn với 200 g muối chia làm 2 lần, cho 100 kg lươn ăn. Dùng liên tục trong 3 ngày.

Bệnh nội ký sinh gồm bệnh xuất huyết, bệnh đỏ da, bệnh lở loét, bệnh thối đuôi... Để điều trị, người nuôi cần diệt khuẩn môi trường và trộn kháng sinh vào thức ăn với liều lượng 5 g/kg thức ăn, cho lươn ăn trong thời gian 5-7 ngày. Có nhiều loại kháng sinh như sulfamid, oxytetracyclin..., tùy loại bệnh mà có liệu pháp thích hợp.

Bệnh ngoại ký sinh như bệnh giun sán, đĩa ký sinh, đốm đen, bệnh do nấm thủy mi... Để điều trị, người nuôi cần diệt khuẩn hệ thống nuôi và sử dụng các loại thuốc trị ngoại ký sinh có bán trên thị trường.