Qua miêu tả thì cà phê thối quả và bị rụng có khá nhiều nguyên nhân, việc xác định chính xác nguyên nhân rất quan trọng nó đảm bảo cho việc phòng, trị có hiệu quả cao:

- Khi vườn cây bị nhiều rệp sáp mặc dù đã thực hiện các biện pháp kỹ thuật và hết rệp nhưng trong quá trình đó rệp chích hút vào cuống quả đã tạo vết thương, tạo điều kiện để nấm xâm nhiễm khi mưa xuống nấm phát triển và gây rụng quả nhiều. Những vườn như vậy đầu mùa mưa nên phun thuốc bệnh (Anvil, Till super...) để phòng bệnh.

- Về dinh dưỡng nếu bón phân không đầy đủ và cân đối cũng xảy ra tình trạng rụng quả. Cần bón phân cân đối và đầy đủ, nên bón nhiều phân hữu cơ hoai mục và phun bổ sung phân vi lượng.

- Hoặc do việc tranh chấp giữa sinh trưởng và phát triển của cây gây nên hiện tượng rụng quả (mùa khô để khô quá hệ rễ tơ bị chết nhiều, lá rụng nhiều khi mưa xuống cây tập trung cho sinh dưỡng nên làm rụng quả). Hoặc do cây đậu quả nhiều, không đủ dinh dưỡng do đó sẽ dẫn đến hiện tượng rụng quả sinh lý (thường những quả nhỏ, quả ở cành nhỏ, yếu không có lá…) để tập trung dinh dưỡng nuôi những quả còn lại.

- Có thể do nấm Colletotrichum coffeanum gây nên. Trường hợp bị nấm thì vỏ quả, vỏ cành có những vết màu đen và lõm xuống.

* Biện pháp phòng trừ khép kín:

- Trồng và quản lý cây che bóng, chắn gió.

- Cắt tỉa cành nhánh, chồi vượt. Tạo hình thông thoáng.

- Cung cấp dinh dưỡng đầy đủ, cân đối.

- Phun thuốc phòng bệnh.

- Không để khô quá hệ rễ tơ bị hư nhiều không hút được dinh dưỡng.

- Không để rụng lá nhiều, khi mùa mưa đến tập trung dinh dưỡng nuôi lá và quả.

* Phun phòng như sau:

- Đầu mùa mưa Alvil 5EC.

- Giữa mùa mưa: Tyl Super 500EC.

- Trước thu hoạch: 40-60 ngày phun thêm một lần.

- Hoặc dùng các thuốc sau: Derosal 50SC (0,2 %), Viben C 50BTN (0,2 %), Bendazol 50WP (0,2 %), Carbenzim 500FL (0,2 %).