Cho đến hiện nay, phần lớn các hộ nuôi Ba Ba đều sử dụng thức ăn động vật tươi sống là chính, một số nơi có điều kiện cho ăn thêm thức ăn khô, nói chung chưa có điều kiện sử dụng thức ăn công nghiệp. Thức ăn nuôi Ba Ba có thể chia 3 loại chủ yếu:

- Thức ăn động vật tươi sống.

- Thức ăn động vật khô.

- Thức ăn chế biến hoặc thức ăn công nghiệp.

* Thức ăn tươi sống: Gồm động vật còn nguyên con, còn sống hoặc đã chết nhưng thịt còn tươi. Không dùng thịt động vật đã bị ươn ôi và thịt động vật đã ướp mặn không có khả năng rửa sạch mặn. Các động vật, thịt động vật sử dụng làm thức ăn cho Ba Ba gồm:

- Cá tươi: các tỉnh phía Bắc thường sử dụng cá mè trắng, cá tép dầu, cá mương, cá lành canh nước ngọt và các loài cá biển vụn. Các tỉnh phía Nam và vùng hồ chứa nước sử dụng nhiều cá Sơn, cá Linh, cá Chốt chuột, cá biển vụn...

- Động vật nhuyễn thể: gồm các động vật nhuyễn thể nước ngọt (ốc vặn, ốc sên, ốc đồng, ốc nhồi, trai, hến) và các động vật nhuyễn thể như don, dắt...

- Động vật giáp xác: chủ yếu là các loại tôm, cua rẻ tiền, cả ở nước ngọt và nước mặn.

- Côn trùng: chủ yếu là giun đất, nhộng tằm. Giun đất có thể nuôi để cho ăn, có thể bắt giun tự nhiên (trong vườn, bãi ven sông...) cho ăn.

- Động vật khác: thường là tận dụng thịt của các động vật rẻ tiền không thuộc diện dùng làm thực phẩm cho người, và thịt phế liệu của các xí nghiệp chế biến thực phẩm như cá, tôm, mực, gia súc, gia cầm...

* Thức ăn khô: Một số nơi có điều kiện có thể sử dụng cá khô nhạt, tôm khô nhạt... loại rẻ tiền để cho ăn kèm thức ăn tươi hàng ngày hoặc dự trữ cho ăn khi thiếu thức ăn tươi.

* Thức ăn công nghiệp: Nước ta chưa sản xuất thức ăn công nghiệp chuyên dùng cho Ba Ba. Trên thế giới, một số nước đã sử dụng khá phổ biến, hiệu quả kinh tế cao. Thành phần dinh dưỡng trong thức ăn rất toàn diện, đặc biệt hàm lượng đạm rất cao, thức ăn nuôi ba ba giống có hàm lượng đạm 50-55%, thức ăn nuôi Ba Ba thịt có hàm lượng đạm trên dưới 45%.